ETF總體來說雖然成本比較低，但不代表它沒有其他隱性成本，雖然ETF有著高透明的優點，但指數化投資人還是得注意其他成本費率來衡量自身持有標的。
而ETF的直接成本主要有下列幾種
總開支費率:
投資ETF時最重要的指標就是總開支費率，ETF運作本身也需要一些經營成本，也需要付給指數管理公司指數授權費(特許權使用費)。
不過通常還是會比一般市場上的境外共同基金便宜很多，更沒有如共同基金還有預付費跟贖回費，市面上的共同基金大多屬於主動式管理基金。而低成本也是ETF最大好處之一。
交易成本:
ETF是透過劵商在二級市場進行買賣，所以也會有相關固定費用的產生，當然還是得取決於本身是在哪間劵商開戶，而如果是投資共同基金通常還會被收取佣金，或是銷售的費用等等。
追踨誤差:
用來衡量在一段時間內與所追蹤的指數基準報酬來比較，一般來說通常高成本都會有較大的追蹤誤差，而較低成本通常也都會有著較低的追蹤誤差。
然而隨著時間的增長，追蹤誤差方面也會縮小，而Vanguard所提供的低成本ETF就是最好的範例。
現金與股息拖累:
大多數的ETF幾乎都是滿倉在投資。以Vanguard的VOO來說現金比重0.38%(02/29/2016)，而元大00646標普500ETF現金比重為5.33%(月報3月號)。
當市場上漲時沒有被滿倉投資，報酬也會受到影響，而當市場下跌時，當然不會跌的那麼多，不過使用現金最有效率的方法就是被用在投資，而不是閒置它。
有些ETF如SPDR的SPY他是採用(單位投資信托)UIT結構，由於美國SEC的規定，這些ETF不能立即將所得到的股息再次投到基金裡面，而這些股息只能被放到另一個現金帳戶裡"定期"的支付給股東，而這也會造成跟現金拖累一樣的情形，也就是會有報酬拖累的情況發生。
外幣風險：
主要還是看投資人所投資的ETF基準貨幣為考量，有台幣對美金或是歐元、日元、或其他幣種匯差影響。
ETF也會產生一些隱藏的成本，如果基金公司預先宣佈這支ETF會做指數成份調整，那麼一些其他基金經理人或是投資人就會趕在ETF供應商前面買入被加入的新指數或是放空被剔除的證劵。
這些投機性的交易也會墊高了ETF交易的成本，這些成本也會算進ETF中。
續~
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